Банинский сельсовет впервые был образован в 1930-е годы.
Упразднён в 1954 году путём присоединения к Миленинскому сельсовету.
19 октября 1989 года вновь выделен в самостоятельную административную единицу. Изначально административным центром было село 1-е Банино.
Статус и границы сельского поселения установлены Законом Курской области от 21 октября 2004 года № 48-ЗКО «О муниципальных образованиях Курской области».
Законом Курской области от 26 апреля 2010 года № 26-ЗКО к Банинскому сельсовету были присоединены Дмитриевский и Сотниковский сельсоветы.
